適切な施肥管理
土壌診断等を行い、作物の生育に応じて必要な施肥を行う事で、生理病の発生を抑制することが出来る。
有機物の投入
土壌病害や害虫は、生体の植物を侵すものがほとんどである。また、土壌中で一定以上の密度にならないと実害が発生しない。
このため、堆肥を投入したり、イネ科作物やマメ科作物を土中に鋤き込むなど、栽培作物以外の有機物を土壌に投入することで、土壌内の微生物相が多様化し、病虫害の発生を抑制することが可能となる。
土壌内の微生物相を多様化させることを目的とする微生物資材が数多く流通しているが、外来的に微生物を投入しても、投入した微生物が土壌内で優先しなかったという報告もあるので、微生物を直接投入するという宣伝の資材については、その効果を慎重に見極める必要がある。また、糖蜜などの微生物を増殖させる成分を含む資材については、一時的な増殖効果は期待できるかもしれないが、安定的に多様な微生物相を維持するためには、他の有機物を含めた継続投入を前提とするものが多い。
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多くの病原体や害虫は水中で長時間生存できないので、圃場に一定期間水を溜めることにより、病原体や害虫の密度を低下させることが出来る。また、水溶性の塩類や肥料成分も湛水中に溶出するので、塩害の軽減にも効果がある。
イネは連作障害を受けないという印象があるが、これは 水田が生育期間中は常時湛水状態にあるためであり、 陸稲は連作障害を受けやすい。
客土・深耕
客土は耕作層の土壌を取り除き、他から新しい土壌を入れること。深耕は耕作層の下層の土壌を耕作層と反転（天地返し）すること、又は耕作層と下層を混和すること。
一時的な連作障害の回避には有効であるが、その後の管理によっては再び連作障害を引き起こすことがある。